(一)扣除范圍與核算問題主要包括以下幾點：
一是尚未實行分離辦社會職能的企業，其內設福利部門所發生的設備、設施和人員費用，包括職工食堂、職工浴室、理發室、醫務所、托兒所、療養院等集體福利部門的設備、設施及維修保養費用和福利部門工作人員的工資薪金、社會保險費、住房公積金、勞務費等。
二是為職工衛生保健、生活、住房、交通等所發放的各項補貼和非貨幣性福利，包括企業向職工發放的因公外地就醫費用、未實行醫療統籌企業職工醫療費用、職工供養直系親屬醫療補貼、供暖費補貼、職工防暑降溫費、職工困難補貼、救濟費、職工食堂經費補貼、職工交通補貼等。
三是按照其他規定發生的其他職工福利費，包括喪葬補助費、撫恤費、安家費、探親假[hiweb_break]路費等。筆者認為職工回家探親途中發生的車費、住宿費、餐費等，如果企業采取按相應發票報銷的方式發放的，可以作為職工福利費列支;但如果是以現金形式發放的，應按工資、薪金支出來處理;對于企業年底請員工抽獎活動發生的費用支出，屬于人人有份的福利性開支，可以在“職工福利費”列支。
四是企業發生的職工福利費，應該單獨設置賬冊，進行準確核算。沒有單獨設置賬冊準確核算的，稅務機關應責令企業在規定的期限內進行改正。逾期仍未改正的，稅務機關可對企業發生的職工福利費進行合理的核定。
(二)職工福利費計算基數的確定 職工福利費的計算基數為工資、薪金總額，稅前允許扣除的最高限額為工資、薪金總額的14%。稅法上工資、薪金總額與會計上的有所不同，主要是不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費以及養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。
企業發生的合理的工資薪金支出，必須同時滿足以下條件才準予稅前扣除，才能作為福利費稅前扣除的基數。(1)工資、薪金已實際發放;(2)企業制定了較為規范的員工工資薪金制度，企業所制定的工資薪金制度符合行業及地區水平;(3)企業在一定時期所發放的工資薪金是相對固定的，工資薪金的調整是有序進行的;(4)企業對實際發放的工資薪金，已依法履行了代扣代繳個人所得稅義務;(5)有關工資薪金的安排，不以減少或逃避稅款為目的。對于國有性質的企業，稅務上對工資、薪金總額作了特別規定，除以上條件外，規定不得超過政府有關部門給予的限定數額;超過部分，不得計入企業工資、薪金總額，也不得在計算企業應納稅所得額時扣除。對于工資、薪金總額中不合理部分，不得作為計算職工福利費稅前扣除限額的依據。
(三)職工福利費計稅基數確定 稅法上職工福利費計稅基數與會計賬務中職工福利費的發生額大多數情況下并不一致，新《企業所得稅法》實施后，年初職工福利費有余額的情況下，稅前扣除的職工福利費并不等于當年實際發生的職工福利費，當年實際發生的職工福利費要先沖減“職工福利費余額”。在新稅法執行前，稅收的福利費計稅基數是“計算扣除”，一般稅局在執行時要求已作會計處理的情況下扣除，包括預提應付職工福利費計入企業成本費用部分，可以暫不實[hiweb_break]際使用，但職工福利費必須在規定的開支范圍內使用。
在確定職工福利費計稅基數時，主要步驟如下：第一步，確定按原稅法累計計提的工資總額14%減去實際使用的福利費累計數;第二步，確定會計上職工福利費余額即賬上的余額;第三步，確定福利費當年發生額；第四步，確定余額使用是否改變了用途，因為企業以前年度累計計提但尚未實際使用的職工福利費余額已在稅前扣除，屬于職工權益，如果改變用途的，應調整增加應納稅所得額;最后確定職工福利費計稅基數。對于超過計稅基數的部分，在進行企業所得稅納稅處理時調增應納稅所得額。
小編認為在年初有余額的情況下，應分為兩種情況處理：(1)年初余額均為原稅法規定的計提數。此時應先使用余額，當年實際發生額大于原余額并且差額小于工資薪金總額14%時，差額部分直接在成本費用中列支，對于超過計稅基數的部分，在進行企業所得稅納稅處理時調增應納稅所得額。(2)年初余額除原稅法規定的計提數外，還有已做納稅調增的部分。此時也應先使用余額，當年實際發生額大于原余額并且差額小于工資薪金總額14%時，差額部分直接在成本費用中列支，對于超過計稅基數的部分，在進行企業所得稅納稅處理時調增應納稅所得額，同時對原已做納稅調增的部分使用時，不再作調增處理或作為納稅調增的減項處理。在實務中要特別注意的是非貨幣性福利，容易被忽視。例如通信企業免費給職工使用電話，屬于非貨幣性福利，以及企業為接送職工發生的租車費、汽油費、人工費用等都應屬于非貨幣性福利。
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